Notarite Koja kõrgeim organ on Notarite Koja üldkoosolek. Täitev-korraldav organ on Notarite Koja eestseisus, kes valitakse koosoleku poolt kolmeks aastaks 7-liikmelisena.
Praegune eestseisus:
Esimees: Tallinna notar Merle Saar-Johanson
Aseesimees: Tallinna notar Priidu Pärna
Liikmed:
Tallinna notar Tiit Sepp
Paide notar Eve Põtter
Tartu notar Kairi Aarik
Võru notar Inga Anipai
Jõhvi notar Diana Lõhmus
Notarite Koja eestseisus tagab Notarite Koja põhikirja täitmise ning Notarite Koja koosolekute otsuse elluviimise.
Notarite Koja eestseisuse istungid toimuvad vähemalt üks kord kuus.
Notarite Koja tegevdirektor on Kaidi Lippus, e-posti aadress kaidi.lippus@notaritekoda.ee .
Igapäevaselt töötab Notarite Kojas 5 töötajat: tegevdirektor, jurist, rahapesu tõkestamise ja notarite järelevalve ekspert, koolitus- ja välissuhtlusspetsialist ning büroojuht, kelle ülesandeks on peamiselt koosolekute, eestseisuse istungite jmt ürituste ettevalmistamine ja korraldamine, arvamuste, kirjade ja ettepanekute vormistamine, rahvusvaheliste suhete ja välislähetuste korraldamine, suhtlemine Justiitsministeeriumi ja teiste ametiasutustega jms.